Les trois axes fédérateurs qui réunissaient initialement les enseignants-chercheurs et les chercheurs de la République des savoirs étaient les suivants :
- Moments et Controverses, prêtant une attention particulière aux questions théoriques que suscite en général l’étude des controverses, qu’il s’agisse de leur forme, de leur développement ou de leur clôture ;
- Archives et Corpus, avec le programme Passage des disciplines, soutenu par le collège de France ;
- Problèmes transdisciplinaires, avec notamment un travail sur la transformation des sciences biologiques durant ces soixante dernières années et sur l’éthique du soin.
Tout en continuant les travaux engagés selon ces trois axes, les enseignants-chercheurs et les chercheurs de la République des savoirs ont dégagé de nouveaux objets communs. Ainsi en est-il de la question des vertus intellectuelles ou du thème de la critique.